Ministerrådet är EU:s högsta beslutande organ. Ministerrådet består av en minister från varje medlemsland som har befogenhet att fatta bindande beslut för sin regering. Vilken minister som deltar från varje medlemsland beror på vilken typ av frågor som behandlas. Ordförandelandets minister leder mötena.

Europaparlamentet stiftar tillsammans med ministerrådet nya lagar efter förslag från kommissionen. Europaparlamentets inflytande varierar beroende på vilken fråga som avhandlas. Parlamentet är vanligen medbeslutande, vilket innebär att ministerrådet måste acceptera Europaparlamentets ändringsförslag för att kunna anta ny lagstiftning. Parlamentet sammanträder varje månad i Strasbourg. Dessutom hålls varje år sex extra sammanträden i Bryssel. Talmannen leder parlamentets arbete och kammarens debatter.

Coreper, de ständiga representanternas kommitté, förbereder rådsmöten på ministernivå. Alla frågor måste behandlas i Coreper innan de kan sättas upp på en dagordning för ett ministerrådsmöte. Coreper möts i två sammansättningar, Coreper II och Coreper I, med ansvar för olika ämnesområden. Coreper II består av medlemsländernas ständiga representanter, det vill säga av ambassadörerna, vid EU-representationerna i Bryssel. Coreper I består av medlemsländernas biträdande ständiga representanter (ambassadörernas ställföreträdare).

Europaparlamentets ärenden bereds i utskott. Det finns tjugo ständiga utskott, vilka delas in efter sakområden, till exempel utrikes frågor eller budget. Dessutom kan Europaparlamentet tillsätta tillfälliga utskott för en period om högst tolv månader med möjlighet till förlängning. En av utskottets ledamöter skriver utskottets betänkande i en viss fråga. Han eller hon kallas i denna funktion för föredragande eller rapportör och har stort inflytande över betänkandets utformning. Utskottens sammanträden är öppna och äger rum i Bryssel.

Rådets arbetsgrupper och kommittéer har till uppgift att förbereda alla frågor innan de går vidare till Coreper och slutligen till ministernivå. Arbetsgrupperna och kommittéerna består av tjänstemän från medlemsländerna, vanligen från medlemsländernas EU-representationer i Bryssel eller departement från huvudstäderna.

Europeiska kommissionen föreslår ny lagstiftning för Europaparlamentet och ministerrådet. Den består av en ledamot per medlemsland och fattar kollegiala beslut. Det innebär att kommissionärerna fattar gemensamma beslut och att de enskilda kommissionärerna står bakom alla beslut, även de som ligger utanför deras respektive sakområde. Besluten fattas vanligen utan omröstning, men om en kommissionär begär omröstning genomförs detta. I dessa fall krävs att en absolut majoritet av antalet ledamöter röstar för ett förslag för att det ska gå igenom.

Europeiska rådet kallas också för EU:s toppmöten och består av medlemsländernas stats- eller regeringschefer och kommissionens ordförande. De möts en till två gånger per halvår och drar upp politiska riktlinjer för EU:s utveckling. Medlemsländernas utrikesministrar deltar också samt i vissa fall finansministrarna. Under Sveriges ordförandeskap leder statsminister Fredrik Reinfeldt Europeiska rådet.

EU-ordförandeskapet anordnar vanligen ett antal informella ministermöten i ordförandelandet. Vid dessa möten fattas inga formella beslut. Mötena innebär istället ett tillfälle för ministrarna att fritt diskutera aktuella EU-frågor. Ett syfte är att under informella former kunna lösa ut knutar och bana vägen för beslut om svåra frågor på ministerrådets ordinarie dagordning. Under Sveriges ordförandeskap kommer elva informella ministermöten att hållas på sju mötesorter i Sverige.

EU-samarbetet omfattar avvägningar mellan en mängd olika parter på olika nivåer. För att stämma av läget i en viss fråga och ge parterna möjlighet att lägga fram nya förslag anordnas ofta konferenser och möten av olika slag. Vid konferenserna fattas inga bindande beslut, men de tjänar ändå en viktig funktion för att bereda vägen inför de formella stegen i EU:s beslutsprocess.

EU för en regelbunden dialog med ett mycket stort antal länder och grupper av länder utanför EU. Dessa möten med länder utanför EU kallas också tredjelandsmöten. Ordförandeskapet planerar, samordnar och leder mötena. Under det svenska ordförandeskapet kommer cirka 280 sådana möten att äga rum i, dels i Sverige, dels i Bryssel och New York och i andra länder utanför EU.